頻譜分析儀是一種比較貴重的綜合性儀器，一旦損壞，相應的維修費用比較高，且維修周期比較長，因此正確使用非常重要。
1、對于頻譜分析儀來說電源是非常重要的，在給頻譜分析儀加電之前，一定要確保電源接法正確，保證地線可靠接地。頻譜分析儀配置的是三芯電源線，開機之前，必須將電源線插頭插入標準的三相插座中，千萬不要使用沒有保護地的電源線，以防止可能造成的人身傷害。
2、在對信號進行測量前，頻譜分析儀開機后應預熱三十分鐘，當測試環境溫度改變3—5度時，頻譜分析儀應重新進行校準。
3、任何頻譜分析儀在輸入端口都有一個允許輸入的MAX安全功率，稱為MAX輸入電平。如國產多功能頻譜分析儀AV4032要求連續波輸入信號的MAX功率不能超過+30dBmW(1W)，且不允許直流輸入。若輸入信號值超出了頻譜分析儀所允許的MAX輸入電平值，則會造成儀器損壞；對于不允許直流輸入的頻譜分析儀，若輸入信號中含有直流成份，則也會對頻譜分析儀造成損傷。
一般頻譜分析儀的MAX輸入電平值通常在前面板靠近輸入連接口的地方標出。如果頻譜分析儀不允許信號中含有直流電壓，當測量帶有直流分量的信號時，應外接一個恰當數值的電容器用于隔直流。
當對所測信號的性質不太了解時，我們可采用以下的辦法來保證頻譜分析儀的安全使用：如果有RF功率計，可以用它來先測一下信號電平；如果沒有功率計，則在信號電纜與頻譜儀的輸入端之間應接上一個一定量值的外部衰減器，頻譜分析儀應選擇MAX的射頻衰減和可能的MAX基準電平，并且使用寬的頻率掃寬(SPAN)，保證可能偏出屏幕的信號可以清晰看見。我們也可以使用示波器、電壓表等儀器來檢查DC及AC信號電平。
